Ngày 27 tháng 9 năm 969, Thiên hoàng Reizei thoái vị và người em trai - hoàng tử Morihira lãnh chiếu kế vị[6].

Ngày 5 tháng 11 năm 969, Morihira chính thức lên ngôi và lấy hiệu là Thiên hoàng En'yū[7]. Ông lấy niên hiệu Anna của anh mình, lập thành niên hiệu Anna nguyên niên (11/969 - 3/970).

Năm 980 và 982, cung điện hoàng gia và "Gương thần" bị cháy hai lần, cá biệt Gương Thần bị phá hủy mất phân nửa (980). Đến năm 982, Gương Thần được phục hồi và trở thành biểu tượng tập trung tư tưởng và thần quyền cho Thiên hoàng Nhật Bản[5].

Thời kỳ Thiên hoàng En'yū cầm quyền đã chứng kiến cuộc đấu tranh quyền lực rất quyết liệt giữa những người trong gia tộc Fujiwara về việc Thiên hoàng sẽ cử ai trong số họ lên làm Nhiếp chính quan bạch (Sessho kampaku). Thiên hoàng En'yū nghe theo lời khuyên của mẹ mình đã cử Fujiwara no Kanemichi, em trai của bà và là cậu của Thiên hoàng, lên chức kampaku. Thiên hoàng chỉ có một con trai duy nhất (sau này lên ngôi hiệu là Thiên hoàng Ichijō), kết quả từ cuộc hôn nhân giữa ông với công nương Senshi, con gái của Fujiwara no Kaneie (người anh họ của công nương Aishi, mẹ của Thiên hoàng). Ông cũng tiếp tục hôn nhân với các con gái của họ Fujiwara, nhưng tất cả đều không có con với Thiên hoàng. Điều này dấy lên sự rạn nứt từ từ của Thiên hoàng với gia tộc Fujiwara, sau này sẽ bùng phát mạnh sau khi Thiên hoàng Go-Reizei qua đời.

Thời En'yū, hoàng gia Nhật Bản cũng đã tổ chức một đám rước đầu tiên, đưa tượng thần Hachiman về đền thờ Hirano để thờ cúng.

Ngày 24 tháng 9 năm 984, Thiên hoàng En'yū thoái vị[5] và người cháu trai, hoàng tử Morosada (con trai của vua anh Reizei) lên kế ngôi và lấy hiệu là Thiên hoàng Kazan.

Năm 985, cựu Thiên hoàng xuất gia theo Phật giáo và lấy pháp danh là Kongō Hō.

Ngày 1 tháng 3 năm 991, cựu Thiên hoàng En'yū qua đời ở tuổi 32[5].